1、水利機構管理體制不完善

　　農民參與程度低：農民參與小型水利工程的管理體制雖在某種程度調動(dòng)了農民參與水利工程管理的積極性，但由于管理體制的不健全，農民參與不積極。農民沒(méi)有把水利設施視為與自身利益相關(guān)的農業(yè)生產(chǎn)設施而積極地參與到工程的維護管理，農民不了解也很少參與小水利工程的有關(guān)管理決策，農村水利組織的領(lǐng)導或成員大多數南組織安排或自愿參加，民主選舉的卻很少。

　　2、水利管理機構運行資金不足

　　運營(yíng)不合理：由于過(guò)去政府主部門(mén)一直只注重農村水利工程固定資產(chǎn)投資量的增加，而忽視對已建農村水利工程的管理，形成了對農村水利設施只建不管、重建輕管的現象。在建設水利工程時(shí)，往往未將建后的管理機構和管理費用落實(shí)，對農村水利工程維護管理重視不足，資金投入較少，從而造成了一年建設三年壞的現象，影響工程效益的發(fā)揮。如以前建設的高穩產(chǎn)農田工程和近幾年建設的排水工程等，除了一些溝渠、泵房、水池、水窖和小塘壩之外，相應配套的管道、閘閥、機電沒(méi)備等已經(jīng)大部分報廢。農村小型水利工程管理機構資金不足現象普遍存在，尤其是一些小型的水利設施，其收入來(lái)源比較單一，主要依靠灌溉水費收入，而支出項目較多，如水利工程維修費、折舊費、電費等，個(gè)別機構存在支出大于收入的情況。農村水利機構入不敷出的資金運行狀況，必然會(huì )降低農村水利機構人員工作積極性，從而影響農村水利管理機構的良好運營(yíng)。如小型灌區、提灌泵站或人飲泵站，能收取的費用最多只能維持管理人員的工資、電費等，維護及維修費用缺乏，設備、設施一出現問(wèn)題，就閑置報廢。

　　3、水利工程管理效率不高

　　于水利工程管理職能不到位、運營(yíng)方式單一、管理組織不健全等問(wèn)題，使得農村水利工程的管理效率不高，不能調動(dòng)水利工作人員積極性，水利工程正常運行得不到保障。一些地方灌排渠道和農村河道工程僅有很少部分落實(shí)了管理機構，小型以下水庫沒(méi)有設管理機構，由鄉鎮、街道專(zhuān)管員負責管理，渠道僅由村民自主季節性管理。一些地方部分小水庫、塘壩、自流、提水及小灌區，機電井和河道防洪工程處于無(wú)人管理狀態(tài)，這樣會(huì )造成管理機構的職員對水利事業(yè)關(guān)心淡薄，從而影響水利機構正常效益和職能的發(fā)揮。如～些有管理房的小水庫、塘壩和小灌區，由于多年沒(méi)有上調管理人員的工資，因待遇很低，管理人員為了生計忙于其它事，管理房每天就只有一把鎖和～條狗，這樣的現象很常見(jiàn)。

　　4、在重建輕管，缺乏維護的問(wèn)題

　　缺乏維護的問(wèn)題主要表現在：①領(lǐng)導思想上存在重工程建設、輕工程管理的傾向，認為管理難度大。這是因為領(lǐng)導的政績(jì)要依靠項目和資金來(lái)體現，對于管理來(lái)說(shuō)難以體現。②管理經(jīng)費無(wú)保障。在興建工程時(shí)，沒(méi)有很好地考慮工程建成運用后的運行維護經(jīng)費，管理設施簡(jiǎn)陋，管理人員經(jīng)費不落實(shí)，形成工程建設越多，背的包袱越重的惡性運行機制。導致管理人員缺乏責任心，消極怠工，甚至脫崗轉行。⑧產(chǎn)權不明晰，主體不明確。小型水利工程多是靠國家撥一部分資金、物資，農民義務(wù)投工投勞來(lái)完成，投資主體很不明確。主要反映在產(chǎn)權歸屬及管護主體之上。④宣傳教育缺乏深度，工作缺乏力度。水利設施被毀被盜現象嚴重，沒(méi)有形成全民愛(ài)護的意識。⑤管理部門(mén)力量薄弱，管理知識缺乏，業(yè)務(wù)水平偏低。因工程點(diǎn)多面，～，大部分交由村委會(huì )或自然村負責管理，管理人員多是當地農戶(hù)，根本不具備相應的知識和業(yè)務(wù)。