雖然矩陣式組織結構有許多優(yōu)點(diǎn)，但同樣也有一些不足，主要有：

（1）項目管理權力平衡困難。矩陣式組織結構中項目管理的權力需要在項目經(jīng)理與職能部門(mén)之間平衡，這種平衡在實(shí)際工作中是不易實(shí)現的。

（2）信息回路比較復雜。在這種模式下，信息回路比較多，即要在項目團隊中進(jìn)行，還要在相應的部門(mén)中進(jìn)行，必要時(shí)在部門(mén)之間還要進(jìn)行，所以易出現交流、溝通不夠的問(wèn)題。

（3）項目成員處于多頭領(lǐng)導狀態(tài)。項目成員正常情況下至少要接受兩個(gè)方向的領(lǐng)導，即項目經(jīng)理和所在部門(mén)的負責人，容易造成指令矛盾、行動(dòng)無(wú)所適從的問(wèn)題。